La CUP es composa de diferents Assemblees Locals i/o municipals (AL) arreu del territori, que funcionen de manera autònoma i prenen les seves pròpies decisions mitjançant la seva militància.

Aquestes s’agrupen en Assemblees Territorials (AT), que no es corresponen necessàriament amb les comarques o províncies establertes oficialment, a fi de coordinar-se entre sí i de facilitar la presa d’algunes decisions a nivell nacional. Actualment la CUP amb les següents AT:

• Alt Ter
• Baix Llobregat
• Barcelona
• Camp de Tarragona
• Catalunya Central
• Comarques Centrals Valencianes
• Maresme – Barcelonès Nord
• Nord Oriental
• País Valencià
• Penedès
• Pirineu
• Ponent
• Terres de l’Ebre
• Vallès Occidental
• Vallès Oriental – Baix Montseny

L'òrgan màxim de decisió és l'Assemblea Nacional (AN), formada per la militància, i és l’encarregada d'aprovar els temes generals més importants com són les línies estratègiques i tàctiques a seguir, escollir el Secretariat Nacional, aprovar els pressupostos, els nous estatuts, etc. Té una periodicitat mínima anual.

• De manera mensual es convoca un Consell Polític Nacional (CPN), que és l'òrgan decisori entre assemblees nacionals. A aquest consell hi estan convocats els representants de cada assemblea territorial i el Secretariat Nacional, es debaten els diferents posicionaments proposats i s'aproven les resolucions polítiques. Hi assisteixen representants de les assemblees territorials que defensen les postures consensuades en aquest espais.
   
• El Grup d’Acció Parlamentari (GAP) s’encarrega dels temes parlamentaris i hi tenen representació totes les Territorials de la CUP i les organitzacions que li donen suport. Es reuneix mensualment.
  ​
• La CUP és una organització assembleària i, per tant, no jeràrquica. El Secretariat Nacional (SN) és l'òrgan encarregat de gestionar el dia a dia de la Candidatura d'Unitat Popular i no té atribucions polítiques. El composen 15 militants de l’organització i és un càrrec que canvia cada quatre anys.
   
• A més a més existeixen els Grups de Treball (GT), que són espai de treball temàtics on hi participen militants o simpatitzants a títol individual. Actualment n’existeixen una vintena tot i que no tots funcionen activament. Uns dels més actius són els d’educació, sanitat, territori i medi i sobiranies (habitatge, pobresa i exclusió, sobirania alimentaria, etc.).